சபரிமலை கோவிலில் பலவிதமான பூஜை முறைகள் பின்பற்றப்படுகின்றன. அவை உஷத் கால பூஜை, உச்சி கால பூஜை, அத்தாழ பூஜை, மாத பூஜையாக படி பூஜை மற்றும் உதயாஸ்தமன பூஜை ஆகியவை ஆகும்.

1. உஷத் கால பூஜை :

அதிகாலையில் ஐயப்பன் சன்னதி நடை திறந்த உடனே அபிஷேகம் நடைபெறும். காலையில் கணபதி ஹோமத்துடன் உஷத் பூஜை நடைபெறும்.

அப்போது நைவேத்தியமாக இடித்து பிழிந்த கேரள பாயாசம் படைக்கப்படும். அதன்பின் நடை மூடப்படும். கணபதி மற்றும் நாகராஜா சன்னதி பூஜைகள் முடிந்ததும், பிரசன்ன பூஜை நடைபெறும்.

பின்னர் மீண்டும் நடை திறக்கப்பட்டு தீபாராதனை நடைபெறும். உஷத் பூஜைக்கு பின்னர் நெய் அபிஷேகம் நடைபெறும். இதன்பின்னர் கோவில் சுத்தம் செய்யப்படும்.

2. உச்சி கால பூஜை : 

உச்சி கால பூஜை என்பது நண்பகலில் நடைபெறும் பூஜையாகும். இச்சமயம் ஐயப்பனின் முழு சாந்நித்யமும் சன்னதியில் பரவி கிடக்கும். பூஜை முடிந்த பின்னர் நடை மூடப்படும். மீண்டும் மாலை வேளையில் நடை திறக்கப்பட்டு தீபாராதனையும், புஷ்ப அபிஷேகமும் நடைபெறும்.

புஷ்ப குவியலில் சிறு குழந்தையாக சுவாமியின் முகம் மட்டும் தெரியும். நீளமாக ஐயப்பன் முன்பு பூக்குவியல் சமர்ப்பிக்கப்படும். இதனை காண கண்கோடி வேண்டும்.

காலையில் பல மணிநேரம் தொடர்ந்து நெய் அபிஷேகம் நடைபெறுவதால் ஐயப்ப விக்கிரகத்தில் ஏற்படும் உஷ்ணத்தை சரி செய்ய புஷ்ப அலங்கார பூஜை நடைபெறுகிறது. பக்தர்கள் முன்கூட்டியே புஷ்ப அலங்காரம் செய்ய பணம் செலுத்தி பங்கு கொள்ளலாம்.

3. அத்தாழ பூஜை :

உச்சி கால பூஜை முடிந்த பின்னர் அத்தாழ பூஜை எனப்படும் இரவு நேர சயன பூஜை நடைபெறும். ஐயப்பன் நெய் அபிஷேகத்தில் சர்வ காலமும் இருப்பதால் உஷ்ணத்துடன் திருமேனி விளங்கும்.

எனவே, உண்ணியப்பம் மற்றும் பானகம் நிவேதனம் செய்யப்படுகிறது. பூஜை முடிந்ததும் பக்தர்களுக்கு பானகம் பிரசாதமாக வழங்கப்படுகிறது. இதை தொடர்ந்து ஹரிவராசனம் (தாலாட்டு பாட்டு) பாடி திருச்சன்னதியின் நடை மூடப்படுகிறது.

இவை தவிர, மாத பூஜை நடைபெறும் நாட்களில் தினமும் இரவில் படி பூஜை மற்றும் உதயாஸ்தமன பூஜை நடைபெறுகிறது.